国立国会図書館の組織は、館長のもとに副館長がおり、中央の図書館(総務部、調査及び立法考査局、収集書誌部、利用者サービス部、電子情報部、関西館)と、支部図書館である国際子ども図書館、それに行政・司法部門に設置された支部図書館27館で構成されています。 中央の図書館のうち、総務部には総務課、企画課、人事課、会計課、管理課、支部図書館・協力課があります。また人事課のもとに厚生室があります。 調査及び立法考査局には総合調査室、議会官庁資料調査室、憲法調査室、政治議会調査室、行政法務調査室、外交防衛調査室、財政金融調査室、経済産業調査室、農林環境調査室、国土交通調査室、文教科学技術調査室、社会労働調査室、海外立法情報調査室、調査企画課、国会レファレンス課、議会官庁資料課、憲法課、政治議会課、行政法務課、外交防衛課、財政金融課、経済産業課、農林環境課、国土交通課、文教科学技術課、社会労働課、海外立法情報課、国会分館があります。また調査企画課のもとに連携協力室、文教科学技術課のもとに科学技術室があります。 収集書誌部には収集・書誌調整課、国内資料課、逐次刊行物・特別資料課、外国資料課、資料保存課があります。 利用者サービス部にはサービス企画課、サービス運営課、図書館資料整備課、複写課、人文課、科学技術・経済課、政治史料課、音楽映像資料課があります。また、図書館資料整備課のもとに図書整備室があります。 電子情報部には電子情報企画課、電子情報流通課、電子情報サービス課、システム基盤課があります。また、電子情報企画課のもとに資料デジタル化推進室、次世代システム開発研究室があります。 関西館には総務課、文献提供課、アジア情報課、収集整理課、図書館協力課、電子図書館課があります。 支部図書館である国際子ども図書館には企画協力課、資料情報課、児童サービス課があります。