農芸化学者。明治14（1881）年駒場農学校（後の東京帝大農科大学）に入学し、ドイツ人農化学者ケルネルに師事。23年帝国大学農科大学の助教授となる。25年女流作家の清水紫琴と結婚。28年ドイツに留学し、帰国後33年に東京帝大農科大学教授となる。大正9（1920）年から昭和3（1928）まで東京帝大総長。助教授時代から足尾銅山の鉱毒被害原因を調査・立証し、関東大震災後は東京帝大復興に尽力した。発酵化学研究で業績を残す。
『古在由直書簡 水野直宛』 古在由直（日本学術協会会長）
『醗酵論』 古在由直 述 永木暁三郎 記 東京税務管理局
『醗酵化学研究法』 古在由直 述 江守顕
